Los/as defensores/as de los derechos humanos sufren ejecuciones extrajudiciales, desapariciones forzadas, tortura y maltrato al igual que hostigamiento judicial, amenazas y estigmatización. Los/as periodistas, abogados, fiscales, quienes defienden los derechos de las mujeres, la niñez, la comunidad de personas lesbianas, gay, bisexuales, transgénero e intersexuales (LGBTI), las comunidades indígenas y afro hondureña y quienes trabajan en temas de medio ambiente y del derecho a la tierra están especialmente en riesgo.
En todo el país, los/as defensores/as de los derechos humanos de varias organizaciones que trabajan por los derechos LGBTI han sido blanco de amenazas, vigilancia, secuestros, intimidación y homicidios. Los/as defensores/as LGBTI de Honduras son doblemente discriminados/as: en primer lugar porque defienden los derechos humanos y en segundo lugar porque defienden los derechos LGBTI. Los/as periodistas hacen frente a cada vez más riesgos cuando denuncian violaciones de los derechos humanos; las amenazas constantes, el hostigamiento y homicidio de periodistas ha conducido a que muchos ejerzan la autocensura. Desde el golpe militar del 2009 se ha incrementado el número de asesinatos, amenazas y actos de intimidación contra campesinos y defensores del ambiente. Los responsables de estas violaciones contra defensores del ambiente, la tierra y los derechos de los indígenas suelen ser terratenientes influyentes o compañías madereras.
El 4 de junio de 2014, el Congreso hondureño aprobó en su primera lectura un proyecto de Ley para la protección de los Defensores de Derechos Humanos, Periodistas, Comunicadores Sociales y Operadores de Justicia. Este borrador dispone la creación de un Consejo Nacional de Protección, creado en el ámbito de la Secretaría de Derechos Humanos y que deberá incluir a representantes de las esferas del gobierno pertinentes y de la sociedad civil, y de un nuevo Directorio General a cargo de la provisión de las medidas de protección. Sin embargo, hasta la fecha, no ha mejorado la seguridad para los/as DDH.