Les défenseur-ses des droits humains (DDH) sont victimes d'exécutions extrajudiciaires, disparitions forcées, tortures et mauvais traitements, ainsi que d'acharnement judiciaire, menaces, et stigmatisation. Les journalistes, avocats, procureurs, ceux-celles qui défendent les droits des femmes, des enfants, la communauté lesbienne, gay, bisexuelle, transgenre et intersexuée (LGBTI), les communautés autochtones et afro-honduriennes, et ceux-celles qui défendent l'environnement et le droit à la terre sont particulièrement en danger.
Les défenseurs LGBTI sont doublement discriminés. Ils le sont d'abord parce qu'ils sont DDH puis parce qu'ils défendent les droits LGBTI. Les journalistes sont toujours exposés à un risque croissant lorsqu'ils dénoncent les exactions. Les menaces constantes, le harcèlement et les meurtres de journalistes ont conduit nombreux d'entre eux à s'autocensurer. Depuis le coup d'État militaire de 2009, le nombre de meurtres, menaces et actes d'intimidation contre les paysans (campesinos) et les défenseur-ses de l'environnement a augmenté. Les coupables de violations contre de nombreux défenseurs de l'environnement, du droit à la terre et des populations autochtones sont souvent d'influents propriétaires terriens ou des compagnies d'exploitation forestière.