Bajo el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas (SCAF - por sus siglas en inglés), que tomó control total del Estado a la salida de Mubarak, acoso y arrestos arbitrarios de defensores y defensoras de derechos humanos se han convertido en un lugar común y miles de civiles han sido enjuiciados en tribunales militares. El 2012 fue testigo de una campaña de acoso y persecución pagada por el SCAF que iba en contra de organizaciones de la sociedad civil extranjeras y nacionales. Las oficinas de un número de ONGs han sido allanadas, su equipamiento confiscado y los trabajadores y trabajadoras sujetas a cargos criminales.

La situación actual no parece diferir significativamente de la situación que prevalecía durante el momento del cambio de régimen, cuando abogados/as, periodistas, médicos/as, blogueros/as y otros defensores y defensoras de derechos humanos que defienden víctimas de tortura o buscan exponer las violaciones cometidas por las autoridades en contra de personas que han sido sometidas a acoso e incluso abuso físico, detención y procedimientos judiciales.

El sistema legal es aún restrictivo. A pesar de que Egipto ratificó el Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos, el artículo 184 del Código Penal egipcio hace un delito de "insultar [...] cualquier autoridad de Estado” incluido el Ejército. Consecuentemente, defensores y defensoras de derechos humanos han sido amenazados de ser arrestados/as si tratan de criticar cualquier aparato estatal. Las restricciones legales, tales como las contenidas en el Código Penal, la Ley de Asociaciones, la Ley de Manifestación, la Ley de Emergencia y Antiterrorista, han sido utilizadas para detener el trabajo de defensores y defensoras de derechos humanos.

La Ley 84 del 2002 regula el establecimiento y el funcionamiento de las ONG. La ley provee al ejecutivo con diferentes formas y caminos para ejercer control político sobre el trabajo de las ONGs, incluido la restricción al acceso de fundos extranjeros y su habilidad para unirse a asociaciones internacionales. También le da al gobierno poderes amplios para disolver.

Actualmente, está pendiente una nueva ley de ONG y causa preocupación entre la comunidad internacional; se espera que esta pueda endurecer las restricciones para las ONGs que reciben financiamiento extranjero y les prevenga de trabajar temas y projectos que sean consideradas una amenaza al estado. La Comisionada de Derechos Humanos de la ONU declaró que esta legislación constituye "un potencial golpe serio a las aspiraciones de derechos humanos y de libertades fundamentales por las que tantos egipcios/as lucharon por tanto tiempo y a tan alto costo". Las organizaciones de derechos humanos han urgido a las nuevas autoridades egipcias que cesen la campaña en contra de actores de sociedad civil que desarrollan actividades legítimas y pacíficas para promover la democracia y los derechos humanos.