Durante el Estado de Excepción declarado en febrero de 2005 por el Rey Gyanendra Bir Bikram Shah Dev, se generalizó la supresión de los derechos fundamentales. Pese a la restauración del gobierno en abril de 2006 y a la firma del acuerdo de paz, continúan las violaciones de derechos humanos que siguen sin castigo y los responsables de los ataques previos aún no han sido llevados a la justicia.

En su informe sobre la situación de los defensores/as de derechos humanos, la Relatora Especial de Naciones Unidas sobre Defensores, asegura que "los defensores de derechos humanos en Nepal trabajan diversos asuntos y muchos de ellos están involucrados en el monitoreo e investigación de las violaciones cometidas por los actores en conflicto. Estas actividades incluyen la supervisión de las condiciones carcelarias, la investigación de asesinatos y desapariciones, así como de los casos de violaciones sexuales que han sido reportados, y casos de intimidacion y tortura". Los/as defensores/as también llevan a cabo su trabajo en derechos humanos con enfoques más específicos, como los derechos de los LGBT y los derechos de las mujeres, así como campañas contra la censura y la discriminación por castas sociales. Asimismo, la Relatora Especial de la ONU lamenta que algunos/as defensores/as han sido forzados a trabajar clandestinamente y otros han salido de Nepal con el propósito de realizar su trabajo en derechos humanos de una manera relativamente segura. En mayo de 2006, el gobierno nepalés anuló una orden relacionada con el Código de Conducta para las ONG, en cumplimiento de la suspensión inicial que había sido ordenada por la Corte Suprema, la cual también había recibido fuertes críticas tanto de las organizaciones nacionales como internacionales de derechos humanos.