Existen restricciones para la libertad de los medios en tanto que los/as periodistas han visto como se deteriora su ambiente de trabajo, con varios reporteros arrestados arbitrariamente, intimidados y hostigados por la policía y otros funcionarios del gobierno. Particularmente en el período previo a las elecciones generales de febrero de 2011, varios periodistas fueron arrestados, amenazados, atacados y secuestrados.

El gobierno continúa restringiendo la libertad de asamblea y asociación. En abril de 2011, miembros de las fuerzas de seguridad dispersaron tanto manifestaciones pacíficas como disturbios, haciendo uso excesivo de la fuerza y generando heridos y muertos. Estas demostraciones se multiplicaron en el país para protestar contra un gobierno que derrocha en sus gastos y el alza en los precios de las materias primas. Más aún, las personas que fueron arrestadas durante las protestas denunciaron que les vendaron los ojos, las trasladaron a lugares que desconocen y que permanecieron incomunicadas por largos períodos de tiempo. En el 2011, se propusieron cambios en la legislación referida al orden público, los que podría significar serias dificultades para defensores/as de los derechos humanos, porque estas modificaciones otorgan al Inspector General de la Policía y el Ministro de Asuntos Internos amplios poderes para el manejo de las asambleas públicas.

Las organizaciones no gubernamentales y los/as defensores/as de los derechos humanos hacen frente a restricciones respecto de la inscripción y funcionamiento de las ONG. En el 2006, el parlamento ugandés aprobó la “Ley de Inscripción de Organizaciones no Gubernamentales, reforma” (Non-governmental Organizations (Amendment) Registration Act), como una manera de supervisar y vigilar a las ONG. La ley incrementó las restricciones administrativas para la inscripción de las ONG y dispone una serie de sanciones penales en el caso de contravenirla. El Consejo de ONG Nacionales (NGO National Board), quien emite los certificados de inscripción, está compuesto exclusivamente de representantes del gobierno y cuenta con amplios poderes discrecionales en la regulación de asociaciones y ONG. Entre las disposiciones más restrictivas se halla la prohibición para las ONG de establecer contacto directo con los residentes de áreas rurales sin notificación escrita previa con siete días de antelación a las autoridades distritales.

Los/as defensores/as de los derechos humanos que defienden los derechos de personas LGBTI han estado particularmente en riesgo, a la vez que se extiende la homofobia. Pese a que la homosexualidad ya está criminalizada, presentaron legislación en el parlamento en el año 2009 que introduce penas más duras y prohíbe la tarea de organizaciones LGBTI. El debate de la ley no prosiguió en el 2011. Se han denunciado cada vez más ataques, amenazas de muerte y malos tratos apuntados contra activistas LGBTI, y –en enero de 2011- fue asesinado un destacado defensor de los derechos de personas LGBTI.