La violencia ejercida por las fuerzas gubernamentales, la milicia Janjaweed (paramilitar) y los grupos armados de oposición constituyen el telón de fondo para el acoso continuo, las detenciones arbitrarias y bajo situación de incomunicación y supuestas torturas contra defensores/as de derechos humanos por parte de los militares y otras fuerzas de seguridad sudanesas. Las libertades de expresión, asociación y reunión han sido reducidas en gran manera. En particular, los miembros de las ONG, periodistas y activistas de movimientos estudiantiles han sido blanco de ataques.

La libertad de operación de las organizaciones de derechos humanos ha sido severamente limitada tras la promulgación de la Ley para la Organización del Trabajo Humanitario Voluntario, expedida el 20 de febrero de 2006. La ley establece requisitos rigurosos para el registro de las ONG y les da a las autoridades el poder para negar o cancelar en forma arbitraria dicho registro. De acuerdo con la norma, las autoridades pueden revisar cualquier documento de las ONG, suspender sus actividades, disolver sus comités ejecutivos, expulsar a los miembros de las ONG internacionales, y confiscar los activos de las ONG cuyo registro ha sido cancelado.

Los/as defensores/as que informan sobre las violaciones a los derechos humanos cometidas en Darfur o que critican el uso de la tortura por parte de las autoridades han sido arrestados/as. En particular, muchos defensores/as que trabajan en la documentación de los casos de violencia sexual han tenido que enfrentar cargos penales. La prensa vive bajo un clima de absoluta censura, con periodistas en situación de acoso constante, imposición de restricciones burocráticas y arbitrarias sobre los medios sudaneses, y suspensión de las operaciones de aquellos periódicos que publican artículos contra las autoridades. La libertad de reunión está también severamente limitada, y los participantes en seminarios de derechos humanos, talleres y conferencias, han sido objeto de acoso, interrogación y detención arbitraria.

El espacio del que disponen los/as activistas políticos y defensores/as de los derechos humanos se ha visto disminuido drásticamente, luego de la decisión de la Corte Penal Internacional del 4 de marzo de 2009, de emitir una orden de arresto contra el presidente sudanés Omar Al Bashir. Las autoridades revocaron las inscripciones y retuvieron los bienes de tres organizaciones de derechos humanos: el Centro de Derechos Humanos y Desarrollo del Ambiente de Kartum (Kharotum Centre for Human Rights and Evnrironmental Development – KCHRED), la Organización para el Desarrollo Social de Sudán (Sudan Social Development Organisation – SUDO) y el Centro Amal para la rehabilitación de víctimas de la violencia (Amal Centre for Rehabilitation of Violenci Victims – Amal Centre). Los principales miembros de estas organizaciones fueron hostigados y arrestados, y se levantaron acusaciones falsas en su contra. Estas organizaciones han brindado ayuda legal fundamental, han monitoreado los derechos humanos y han asistido mediante servicios humanitarios tanto en Darfur como en todo Sudán.